甘肃中医学院学生会是学校党委领导下的群众组织，是学生和学校之间的纽带和桥梁；设立校学生会委员会，常务执行委员会，院（系）学生会，班委委员会，增补和卸免后的甘肃中医学院学生会委员会由29人组成，常务执行委员会由19人组成；常务执行委员会下设办公室，社团部，学术科技部，助学服务，宣传部，文艺部，体育部等七个职能部门；在校团委的指导下开展工作，接受校行政机构的管理，引导全校学生牢固树立共产主义理想，刻苦学习，为继承和发扬祖国医学做出贡献；带领全校学生进行自我管理，自我教育，自我服务，努力营造一个适合培养知识经济和信息时代要求的复合型中医药人才环境！
办公室：负责处理日常事务，及时听取学生的意见和要求，并及时向学生会和有关部门反映；根据学生会的意见起草有关工作报告和各项协议、文件；做好文件的收发保管工作；负责与外校或校外其它部门建立友好互利关系。

    社团部：负责管理我校三十个学生社团，组织协调各社团活动，并对社团发展及正常运作进行监督，为促进校园文化建设，丰富同学们课余生活做出了大量的努力。

    学术科技部：引导和培养同学们树立良好的学风，及时听取学生对教学工作的意见和要求，并向有关部门反映；创造良好的学习环境和条件。积极参与、动员、组织学生参加“挑战杯”大学生课外学术科技作品竞赛。

    宣传部：学生活动的宣传阵地，主要配合学校搞好宣传工作，加强对学生的思想政治教育，抵制不良倾向，在学生中开展讲文明，树新风，创三好活动；积极配合各部门做好活动的宣传和活动的开展。

    文艺部：下设公关礼仪协会，吹拉弹唱协会，吉他协会，交谊舞协会和健身协会；其独特的优势和强烈的团队精神为我校校园文化建设做出了大量工作，并积极开展各项群众性文艺活动。

    体育部：配合学校积极组织各项群众性活动，与体育教研室密切配合，积极倡导各项群众性体育锻炼，组织各项体育类竞赛。