甘肃中医学院临床医学系于2008年5月组建，设置有临床医学本科、医学影像本科及临床医学专科起点本科三个专业。下设西医诊断学、西医内科学、西医外科学及医学影像学四个教研室。截至2008年6月，临床医学系在校学生总计772人，临床医学本科生 398人，医学影像本科生194人，临床医学专升本178人。

全系现有管理人员12名，专业授课教师86名，（包括附属一、二院及酒泉、张掖附属医院）其中副高职称以上（副教授、副主任医师以上）的教师46名，具有研究生学历的教师17名。

临床医学、医学影像专业自2002年起开始招收五年制本科， 2006年开始招收临床医学专科起点本科。七年来，以学院附属一院、二院以及酒泉市人民医院、张掖市人民医院四所三级甲等医院为依托，采取基础课与专业课分段式教学的方式不断提高教学质量，在三个专业的学生培养中，已形成了理论教学扎实，实践教学突出的鲜明特色。所培养的学生综合能力稳步提高，毕业生就业呈现了良好的态势，实现了培养应用型人才，服务甘肃地方医药卫生事业的发展的培养目标。